為整合全所科研資源，提高儀器設備使用效率，我所于2012年開始建設東海水產研究所公共實驗室。公共實驗室是我所科學研究的重要支撐平臺，是整合所內大型科學儀器，面向院、所及社會共享共用的實驗平臺。
公共實驗室隸屬于基建條件處，由基建條件處對公共實驗室的建設與運行管理實行統籌規劃、統一管理，實行“統籌管理，專人負責，開放共享，有償使用”的基本原則。其主要職能為：1、服務全所科學研究、學科建設，創造良好的科研實驗條件。2、實現科研條件資源的優化和重組，促進儀器設備共享，提高使用效率,節約科研成本。3、培養專業技能優秀的實驗技術人員。
目前，公共實驗室下設生化試驗室和水產品加工與綜合利用試驗室。實驗室配備了一批具有國際先進水平的科研儀器，主要包括：高分辨飛行時間質譜儀1套（Agilent 1290-TOF-6224）、激光共聚焦掃描顯微鏡（Olympus FV1000）1套、全自動氨基酸分析儀(Agilent 1260) 1套、氣相色譜儀(Agilent GC 7820) 1套、微生物細胞脂肪酸測定與鑒定系統(Agilent 7890) 1套、雙螺桿擠壓機1臺。
實驗室主要面向水產養殖、水產品加工與質量安全、天然產物資源利用、漁業生態環境等研究領域。可為開展水生生物基礎生物學、水產動物飼料與營養學、海洋天然產物中活性物質開發利用、漁業環境因子檢測分析、水產品有毒有害物質檢測、水產品精深加工與微生物控制等研究提供研究平臺。
