調查船管理中心主要負責調查船日常運行，編制運行管理規章制度；負責根據科研工作需要和航行條件，制定航次計劃，組織船員配合科研人員開展海上調查工作；配合基建條件處完成新造調查船舶接收工作；配合基建條件處完成船載儀器設備的招標采購、安裝調試和驗收工作；負責建立調查船運行檔案、檔案的過程管理及歸檔工作；負責船員和技術人員的組織、培訓、管理工作；負責組織開展科考設備、船用設備的日常維護、保養工作；負責調查船碼頭及配套設施的日常管理；負責制定調查船安全生產規程，經常性開展安全檢查、演練，保障各種消防、安全設備的正常運轉；承辦所領導交辦的其他工作。
